王宝强受伤
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北京时间2015年3月24日下午1:30左右，王宝强在《真正男子汉》炮兵站独木桥大作战环节的录制中，因被刘昊然推下独木桥时不慎扭伤右腿，而被紧急送往卫生队接受治疗，节目拍摄被迫中止[7]。随后，王宝强被送往附近的医院进行检查，检查结果被确定为右腿骨折，需进行进一步治疗。当天下午5点，王宝强返回卫生队，在与其他战友告别后，王宝强决定暂时退出《真正男子汉》的录制，返回北京接受进一步治疗。4月27日，王宝强拄拐回归《真正男子汉》坦克兵站的录制。
疑涉军事机密延播
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北京LCR公司总裁称，《真正男子汉》因可能涉及军事机密，而当局审查时间又过于冗长，迟迟不能结束，导致节目首播被迫延迟[3][4]。
节目真实性遭质疑
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北京时间2016年10月28日下午5:30左右，孙杨在自己的个人微博发文称，真人秀关键在于按照剧本演，当他在节目中认真做自己的时候，却被节目组一而再再而三地忽悠，疑似质疑节目环节设计的真实性，然而此微博在发布不久后便被删除[8]。
沈梦辰因违纪被停飞处理
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在2016年12月16日播出的第二季第九期节目中，沈梦辰被安排与孙杨一组，黄子韬被安排与佟丽娅一组，两组需进行一场长僚机协同作战对抗赛，比赛结束后成绩垫底的学员将被淘汰，无缘接下来的飞行实践。由于沈梦辰、孙杨组在比赛中优势较为明显，而佟丽娅则受身体素质所限，根本无法完成比赛。沈梦辰为避免佟丽娅被淘汰，所以在比赛过程中拖住孙杨，从而阻止孙杨走向终点。
沈梦辰的这一做法虽合乎人之常情，但是却违反了部队纪律，组织对此高度重视。随后，空一师召开紧急会议，政治处主任王子男在会上宣布命令，依据《纪律条令》和《飞行员管理规定》，对沈梦辰作停飞处理，以观后效[9]。
节目首播后，佟丽娅在自己的个人微博上表达了对沈梦辰的感激，而沈梦辰也为自己的行为进行了道歉。不少网友对沈梦辰在节目中的表现表示批评，但也有部分网友对沈梦辰的真性情表示理解。